.مه دعوت و محکوم شد. قیصر و مسیح در برابر هم قرار گرفتند و قیصر موقتاً فایق آمد. از اتهام دقیق او اطلاعی نداریم. محتملا در این محاکمه، مانند داوری سابق در تسالونیکا، بولس متهم بود به «نافرمانی از فرمانهای امپراطور و مدعی بودن این که شخص ثالثی موسوم به عیسی پادشاه است.» این یک «لزماژسته» به شمار می رفت که مجازات آن اعدام بود. شرح این محاکمه از آن روزگار در دست نیست، ولی ترتولیانوس، که نوشته هایش به سال 200 بعد از میلاد است، نقل می کند که بولس را در روم سر بریدند؛ و در حدود سال 220 اوریگنس می نگارد که «بولس در روم در زمان نرون به شهادت رسید.» احتمال دارد، به عنوان شارمند رومی، این افتخار را یافته است که جداگانه اعدام شود و نه همراه تودة مسیحیانی که پس از حریق سال 64 مصلوب شدند. روایت است که او و پطرس، گرچه جدا از یکدیگر، در یک زمان شهید شدند و افسانه ای تأثر آور این دو رقیب را می نمایاند که در راه مرگ دوستانه به هم می رسند. در محل و یا اوستیا، که کلیسا متعقد بود آرامگاه بولس است، در قرن سوم عبادتگاهی برپا گشت. این بنا بعداً به شکل زیباتری از نو ساخته شد و هنوز وجود دارد. این همان کلیسای بزرگ سان پائولو فوئوری له مورا (بولس حواری آن سوی دیوارها) است.
این کلیسا نشانة زیبای پیروزی اوست. امپراطوری که او را محکوم کرده بود، خود چون آدم بزدلی جان سپرد، و کمی بعد از آثار بی سر و سامان او چیزی بر جای نماند. ولی از بولس مغلوب، ساختمان الاهی مسیحیت به وجود آمد، همان گونه که از بولس و پطرس سازمان شگرف کلیسا بر جای ماند. بولس از آخرتشناسی، که در حصار شریعت یهود بود،
رؤیایی فرا آورد. او این آخرتشناسی را آزاد کرد و توسعه داد و به صورت ایمانی درآورد که قادر به تکان دادن دنیا بود. با شکیبایی یک دولتمرد، اخلاقیات یهود را با مابعدالطبیعة یونانیان تلفیق کرد و بسط داد، و عیسای اناجیل را به مسیح الاهیات مبدل ساخت: او سر جدیدی به وجود آورده بود، یعنی شکل جدیدی از نمایش رستاخیز، که باقی چیزها را در خود فرو برد و زنده نگاهداشت. وی اعتقاد را، به عنوان نشانة تقوا، جانشین سلوک اخلاقی ساخت، از این جنبه آغازگر قرون وسطی بود. دگرگونی غم انگیزی بود ولی شاید خواست بشریت چنین بود. تنها قلیلی قدیس ممکن بود بتوانند بدلی از مسیح باشند، ولی نفوس بسیاری می توانستند به امید نیل به زندگی جاوید به مراتب ایمان و دلیری برسند.
نفوذ بولس بلافاصله محسوس نگشت. جماعاتی که تشکیل داده بود مانند جزایر بسیار کوچکی بودند در اقیانوسی از مشرکان. کلیسای روم کلیسای پطرس بود و به خاطرة او وفادار ماند. بولس تا یک قرن پس از مرگش تقریباً فراموش شده ماند، ولی هنگامی که نخستین نسلهای مسیحی از میان رفتند و روایت شفاهی حواریون محو شدن آغاز کرد، هنگامی که صدها گونه رفض و بدعت روح مسیحیت را بر هم زد، رساله های بولس چارچوبی فراهم آورد تا نظامی با ثبات از عقایدی که جماعات پراکنده را به صورت کلیسایی مقتدر گرد هم جمع کرد، شکل گیرد.
حتی با این وجود، مردی که مسیحیت را از آیین یهود جدا کرد هنوز چندان از نظر حدت و شدت خصلتها و نرمش ناپذیری اخلاقی اساساً یهودی بود که مردم قرون وسطی، با پذیرفتن معتقدات و فرهنگ مشرکان در اصول بر حق کاتولیکی، در وجود او روحی که به روح خودشان نزدیک باشد نیافتند، عدة کمی از کلیساها را به نام او کردند، ندرتاً مجسمه ای از او تراشیدند، و کمتر نام او را بردند. پانزده قرن سپری شد تا اینکه لوتر بولس را رسول اصلاح مذهب گرداند، و کالون در آثار مبهم او عقیدة قضا را کشف کرد. کیش پروتستان نشانة پیروزی بولس بر پطرس، و نهضت مذهبی بنیادگرایی نشانة پیروزی بولس بر مسیح بود.